As caracteristicas externas que podemos visualizar, no caso a cor, chamamos de fenótipo. Animais de mesmo fenótipo podem apresentar genótipo diferente e isto será determinante na coloração de seus descendentes. Nos cavalos, os genes para pelagem podem apresentar características de dominância ou herança quantitativa que explicaremos a seguir. No cavalo Puro Sangue Lusitano as cores mais comumente encontradas são : tordilhos, pretos, castanhos, alazões, baios amarelos, palominos, isabéis e baios. Representa-se por letras maiúsculas os gens dominantes e por minúsculas os gens recessivos.
 

Os cavalos tordilhos são os que nascem com uma pelagem normalmente escura e que vai clareando com o tempo até o animal se tornar praticamente branco. O gen responsável pelo tordilhamento é o gen G. Este gen se manifesta de maneira dominante, ou seja, se o cavalo recebeu apenas um G de qualquer um dos pais, este animal será tordilho. O gen G é também dominante em relação a todos os outros genes. Portanto, cavalos tordilhos poderão ser GG ou Gg.		Cavalos gg serão ''coloridos'', com sua cor dependendo da composição dos demais genes. Um cavalo GG sempre produzirá filhos tordilhos, visto que obrigatóriamente seus filhos terão um G oriundo do mesmo. Um animal tordilho sempre terá ao menos um dos pais tordilhos, porém dois cavalos tordilhos poderão ter filhos ''coloridos''. Neste caso, ambos os pais seriam obrigatóriamente Gg e ambos transmitiriam o g aos seus filhos coloridos. Cavalos tordilhos : G_* * O traço representa a indiferença do segundo gene do par.

Temos nestas cores a influência dos genes B e A. Os gens B e A são dominantes sobre seus alelos b e a. O gen B determina a existência de pigmento preto em alguma parte do cavalo. Se o animal for recessivo para B, ou seja bb, este cavalo não terá pigmento preto e será um cavalo da cor alazã. Cavalos pretos gg B_aa		O gen A determina a distribuição da pelagem preta apenas para a crina, cauda e extremidades dos membros. Portanto, cavalos B_A_ são castanhos. Para que o cavalo seja preto, deveria portar o gen B e ser recessivo para o gen A, não havendo desta maneira, a distribuição da pelagem preta, e esta se manteria de maneira uniforme por todo o corpo. Cavalos castanhos gg B_A_ Cavalos alazões gg bb_ _

O gen Cr é responsável por tais colorações. Ele manifesta-se de maneira quantitativa, ou seja, com a preseça de um gen Cr o cavalo terá um fenótipo e com dois terá outro. O gen Cr é resposável pela diluição da cor da pelagem. Com apenas um gen Cr, todas as partes de coloração avermelhada terão uma diluição para uma tonalidade mais amarelada. É o caso dos palominos e dos baios amarelos. No caso dos baios amarelos, a crina, cauda e extremidades de membros mantêm-se pretas já que apenas um gen Cr irá diluir apenas a coloração avermelhada do corpo. Será um cavalo amarelado de extremidades pretas.s

Os palominos não apresentam coloração preta na pelagem e, por isso, além da coloração amarelada do corpo, manifestam uma diluição da cor também da crina e cauda em tonalidade de amarelo muito clara tendendo ao branco. Com a presença de CrCr, há diluição tanto da pelagem vermelha, quanto da pelagem preta. Além disto, há também mudança na cor dos olhos, que se tornam de tonalidade azulada. Este cavalo é chamado de isabel. Cavalos palominos gg bb _ _ Cr cr Cavalos baios amarelos gg B_ A_ Cr cr Cavalos isabéis gg _ _ _ _ Cr Cr

Existe outra coloração que podemos chamar de baia, onde a cor avermelhada do corpo tende a uma diluição para uma tonalidade mais clara, formando manchas amareladas com o passar do tempo.

Esta coloração é determinada pelo gen D. O gen D manifesta-se de maneira dominante, não importando se o cavalo apresenta um ou dois genes deste tipo para que se determine a sua coloração. Cavalos baios gg B_ A_ cr cr D_

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